* Forskellige patronformater: DS og 3DS bruger forskellige patronformater. 3DS-patronen er fysisk mindre og har forskellige ben til tilslutning til systemet.
* Software-inkompatibilitet: Selvom du fysisk kunne passe en DS-spilpatron i en 3DS, ville 3DS-systemsoftwaren ikke genkende den. 3DS er designet til at køre 3DS-spil, ikke DS-spil.
Sådan spiller du DS-spil på en 3DS:
* Virtuel konsol: 3DS har en "Virtual Console"-funktion, der giver dig mulighed for at downloade og spille klassiske DS-spil digitalt. Disse spil er købt gennem Nintendo eShop og kan spilles på din 3DS.
* DSi-tilstand: Nogle 3DS-modeller har en "DSi Mode", der giver dig mulighed for at spille DS-spil direkte. Denne tilstand er primært for kompatibilitet med ældre DS-spil og inkluderer ikke 3DS's forbedrede funktioner.
Bemærk: Du kan ikke indsætte en fysisk DS-patron i en 3DS. 3DS er ikke bagudkompatibel med DS-patroner i den forstand.