Fisk forbruge ilt og mad. Affaldet kommer ud i form af kuldioxid, som gradvist henfalder til ammoniak . Ammoniak er skadeligt for fisk på et højt niveau og fører til oprettelsen af nitrat, som er forvandlet af nitrobacteria i endnu flere nitrater. Både ammoniak og nitrat vil dræbe fisken.
For mange fisk og for meget mad
akvarier, ammoniak meste bliver et problem, når akvariet ejeren sætter også mange fisk i tanken eller lægger for meget mad i tanken. Alt for mange fisk forårsager afføring at opbygge , hvilket fører til for meget ammoniak. Når der er for meget mad , behøver fiskene ikke forbruge det hele og maden nedbrydes , frigiver ammoniak. Ammoniak og fosfater er vigtige produkter af den metaboliske system af ferskvand økosystem. Ammoniak hovedsagelig skyldes døde organismer , forrådnede fødevarer og afføring.
Bakterier
kvælstoffikserende bakterier vende kvælstof til enten nitrat eller ammoniak . Selvom nogle bakterier omdanner kvælstof til farlig ammoniak , andre bakterier nedbryde ammoniak og gøre det til nitrat . Disse bakterier er overalt, og er sandsynligvis allerede i tanken. Nogle virksomheder sælger også bakterier, akvarium ejere kan tilføje til tanken , hvis de ønsker at sikre, at de har tilstrækkelige bakterier.